為推進校園文化建設，提升學院文化品位，南通科技職業學院整合校內外資源，建設了農業教育博物館。博物館已是對社會大眾及大中小學生進行科普教育的重要基地，被正式列入南通博物館名錄，是江蘇省科普教育基地、南通科技館分館、南通市社會科學普及示范基地、南通市生態農業科普基地、南通市愛國主義教育基礎和成年人思想道德建設示范活動基地。

農業教育博物館一體五翼，一體指主館，五翼指劉瑞龍紀念館、生物標本分館、植物花卉分館、藍印花布館、通派盆景園。其中藍印花布館是國家級非物質文化遺產傳承基地，通派盆景園為地市級非遺保護項目。

主體館于2010年12月建成，總建筑面積約700M2，主要展示了中華農耕文明史的六個歷史時期，系統展現中華5000多年農耕文明歷史，展出古農具120多件，全景式展現中國從遠古到現代農業教育的發展歷程，介紹了農業教育史、農業教育發展成果以及大學生農業生態類科技創新作品等。

劉瑞龍紀念館座落于圖書館內，占地近300平米，是為紀念南通籍無產階級革命家，原農業部副部長劉瑞龍而建，原江蘇省副省長凌啟鴻、南通市副市長楊展里等領導出席開館儀式并為紀念館揭牌。紀念館包括瑞龍藏書、劉瑞龍紀念展、延東同志贈書、書畫作品展等，收集了劉瑞龍同志一生珍貴照片200多幅。紀念館長期對學生和社會開放，成為新生入學教育和對青少年進行愛國主義教育的重要內容。紀念館建設成效顯著，由于史料豐富，2010年9月，學院聯合南通博物苑、黨史辦舉辦了劉瑞龍百年誕辰紀念特展，來通參加劉瑞龍百年誕辰紀念活動的劉延東同志以及彭小楓、梁保華等觀看了展覽并給予了高度評價。此外，落成了劉瑞龍塑像，劉老的三女兒劉延寧來校參加了塑像落成典禮。建設了瑞龍文化廣場，著名國畫大師范揚先生欣然為廣場題詞。開通了專題網站，全面展示劉瑞龍光輝的一生。紀念館的建設進一步增加了校園文化的厚重感，對我院師生的影響潛移默化。

生物標本館主要展出昆蟲與水生生物標本。館內收藏了近千種昆蟲標本，按系統分類與生物學特性分別展出，其中包括國家二級保護動物中華虎鳳蝶在內的200多種蝴蝶堪稱一絕，色彩斑瀾、輕盈飄逸。300多種水生生物標本按魚、蝦、蟹、貝類等分區展出，豐富多彩、充滿神奇，這里既有大家熟知的四大家魚、長江四鮮，也有海洋野生珍稀品種庫氏硨磲、紅珊瑚，還有“活化石”之稱鸚鵡螺、“海底鴛鴦”——鱟，它們已在地球上生存了數億年之久。

植物花卉分館分園藝植物圖片、臺制標本、種子標本、浸制標本等展區，涉及百科千種植物共計3500多件，展示了觀賞樹木、花卉、果樹、蔬菜、大田作物及常見雜草標本。本館標本選擇以江蘇及周邊地區的主要園藝植物為主，兼顧了教學、生產、科研上的應用性和植物分類上的多樣性，共展出園藝植物圖片約2500多張、臺制標本250多張、種子標本600多份、浸制標本200多瓶。其中觀賞樹木、花卉、果樹圖片標本采用自然分類法排列，初步系統地展示了高等植物在江蘇及周邊地區的大致分布情況?；ㄋ囉蓶|方式插花（中國傳統插花和日本花道）、西方式插花（西方式傳統插花和現代插花）、現代花藝設計藝術和禮儀裝飾插花藝術四部分組成，作品共110余件。展示的插花作品或寫實、或夸張，將豐富多彩的文化內涵和藝術創造融進插花之中，充滿詩情畫意。

學院作為一所高職院校，非常注重與非遺項目、地方文化項目的對接。藍印花布傳承基地是2012年引進的國家級非物質文化遺產項目，包含了藍印花布生產的各個技藝，學院專門為期新建了300平米場所用于對優秀文化的保護。通派盆景園于2012年初引進入校后，現已經成為市級非遺保護項目。

農業博物館建成后，既是學院的教學基地，又是科普宣傳基地，參觀者有美國、日本、臺灣等地友人，有省市上級部門的領導，有來自安徽、陜西等省市的兄弟院校、兄弟單位的朋友，更有來自省內兄弟院校的考察團、訪問者。博物館每年面向2000余名新生開展入學教育，免費面向崇川區社區居民開展科普宣傳，作為崇川區科普基地，每年接待大批轄區中小學生，博物館年接待參觀近3萬人次。